Указом Никола Пашиняна экс-министр обороны (1999-2000) Вагаршак Арутюнян назначен главным советником премьер-министра.
62-летний Арутюнян в разные годы занимал должности замминистра внутренних дел Армении, заместителя начальника штаба главного командования объединенных вооруженных сил стран СНГ, заместителя начальника координационного штаба военного сотрудничества стран СНГ.
В 1999-2000 годах- министр обороны Республики Армения.
После конфликта с Робертом Кочаряном на фоне теракта в парламенте 27 сентября 1999 года был понижен в звании — с генерал-лейтенанта до генерал-майора, а затем уволен с должности.